1. One should cover his head and feet before entering the toilet.

عن حبيب بن صالح رحمه الله قال كان رسول الله صلى الله عليه وسلم إذا دخل الخلاء لبس حذاءه وغطّى رأسه . ( السنن الكبرى للبيهقى 1/96)

Habeeb ibn Saalih (Rahmatullahi Alaih) reports that Rasulullah (Sallallahu alaihi wasallam) used to wear his shoes and cover his head when entering the toilet.

2. Before entering the toilet one should recite the following duaa:

بِسْمِ اللهِ اَللّهُمَّ اِنِّى اَعُوذُ بِكَ مِنَ الخُبُثِ وَ الخَباَئِث

In the name of Allah Ta’ala .O Allah I seek your protection from the male and female jinnaat.

عن أنس قال كان النبي صلى الله عليه وسلم إذا دخل الخلاء قال اللهم إني أعوذ بك من الخبث والخبائث تابعه ابن عرعرة عن شعبة وعن عندر عن شعبة إذا أتى الخلاء . وقال موسى عن حماد إذا دخل وقال سعيد بن زيد حدثنا عبد العزيز إذا أراد أن يدخل (بخارى1/26) 

Anas (Radiallahu anhu) reports that Nabi (Sallallahu alaihi wasallam) used to read the duaa اللهم انى اعوذ بك من الخبث و الخبائث before he entered the toilet.

عن على رضى الله عنه ان رسول الله صلى الله عليه و سلم قال ستر ما بين اعين الجن و عورات بنى آدم اذا دخل احدهم الخلاء ان يقول بسم الله. (ترمذى1/132)

Hadhrat Ali (Radiallahu Anhu) reports that Rasulullah (Sallallahu alaihi wasallam) said: “The veil for the jinnaat not staring at the private parts of a person is the recitation of Bismillah at the time one enters the toilet.”